目前用于中药发酵饲料生产的微生物主要有乳酸菌、酵母菌、黄曲霉菌、芽胞杆菌、红曲霉、双歧杆菌、黑曲霉以及各种药用真菌等。在中药发酵过程中，微生物可以分解、转化中药中的纤维、糖类、蛋白质等成分，使中药细胞破壁，促进有效成分溶出，且微生物在生长代谢过程中产生的一些代谢产物可以改变中药的活性成分，增强药效，扩大适用症状。

有研究发现，六味地黄丸发酵液可显著抑制小鼠肝癌H22的生长，而等量的六味地黄丸煎剂则无明显抑瘤作用。采用猴头菌对银杏叶粗提物发酵，结果显示，发酵液能显著降低糖尿病小鼠的血糖水平，降低血清甘油三酷和胆固醇的含量，具有较好的降血糖和降血脂作用。对黄茂、党参、获苏和白术等组成的中药制剂发酵并进行肉鸡饲喂实验，结果显示，中药发酵制剂组对抗新城疫病毒的抗体效价、免疫器官指数等指标均高于对照组，差异显著，且饲料利用率比对照组明显提高。

中药发酵饲料是利用中药原料的独特性，以植物类药材为主，其有效成分多存在于细胞的胞浆中，植物细胞壁是由纤维素、半纤维素等组成，因其结构致密，导致中药活性成分难以被人体吸收利用。微生物在生长代谢时产生的纤维素酶、果胶酶等可以破坏植物的细胞壁，有利于中药活性成分的析出，增强药效;在发酵过程中，微生物代谢中的各种酶可以将人体不易吸收的大分子有效物质降解为易被人体吸收的小分子物质，提高疗效。

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