当前用于发酵饲料生产的菌种主要有酵母菌、芽孢杆菌、乳酸菌和霉菌等几类。这些种类微生物主要具有以下功能：能够分泌大量的蛋白酶、纤维素酶、半纤维素酶等酶类，能够快速分解底物，促进营养物质的消化吸收；产生核苷酸、维生素等物质，增加饲料的营养成分和价值；能够增强动物的免疫力，提高动物抵抗病原菌等的侵染能力。

乳酸菌在发酵饲料中是应用的比较多的一类细菌，常见的有30多种，包括同型乳酸菌、异型乳酸菌、兼性乳酸菌和双气乳酸菌等几类。其在发酵过程中能够迅速产生乳酸，使发酵底物快速酸化，有效防止梭菌等有害杂菌的污染，抑制发酵底物变质。在发酵饲料中应用的酵母菌主要有20多种，包括酿酒酵母、假丝酵母、毕赤酵母等，在发酵过程中产生天然的酵母香味，增加饲料的适口性。应用的芽孢杆菌有将近10多种，主要包括枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌和蜡样芽胞杆菌等，芽孢杆菌在发酵过程中能够产生大量的抗生肽，有效抑制一些病原菌的生长繁殖。同时酵母菌和芽孢杆菌能够迅速消耗发酵底物的氧气，为乳酸菌的生长繁殖提供厌氧环境，促进乳酸菌的繁殖生长。应用的霉菌有将近10种，主要有黑曲霉、白地霉和米曲霉等，这些霉菌在发酵过程中能够产生大量的纤维素酶、淀粉酶、果胶酶、蛋白酶、植酸酶等酶类，有效分解发酵底物，同时霉菌菌体蛋白也很丰富，可以达到20%~30%。

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