饲料工业常用的菌种有枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、植物乳酸杆菌、嗜酸乳杆菌、醋酸杆菌、戊糖片球菌、产朊假丝酵母、酿酒酵母、黑曲霉和米曲霉等。常用的菌种是乳酸菌，芽孢杆菌和霉菌。

发酵饲料运用的菌种应具有以下特性。

1. 对环境顺应性强且对所要处置的饲料原料作用要大。目前市场上的发酵饲料大多数是生料发酵，菌种要与饲料原料上的微生物竞争,所以用于发酵的菌种顺应力要强且可在发酵原料上更好的生长繁衍。

2. 菌种细胞及代谢产物对动物无毒无反作用。发酵饲料直接或配合应用到动物上，自身或代谢产物有毒有害的菌种坚决不能用于饲料发酵。

3. 性能稳定不易变异且对其他菌株无拮抗作用。菌种的稳定性决定了发酵饲料的质量能否稳定，而复合式多菌种发酵剂的发酵效果好于单-菌种，但是其前提是复合的各菌种间无拮抗作用，拮抗只会消弱各菌种的活动和作用。